La misión del Apostolado del Mar es primordialmente evangelizadora. Ello significa que pretende llevar la Buena Nueva del mensaje cristiano a todas las personas del mundo de la mar. La base de este mensaje es el amor de Dios a los hombres y sólo se puede transmitir en la medida que nosotros estemos dispuestos a dar amor y sepamos también recibirlo. Para realizar su misión, el Apostolado del Mar se inspira en la parábola del Buen Samaritano, poniendo todo su esfuerzo en ayudar a la gente de mar, en todo lo que como personas necesiten, sea cual sea su religión, creencia o ideología.
El Apostolado del Mar se anuncia tradicionalmente a los marinos como “el hogar, lejos del hogar”. Hogar significa bienestar, calor familiar, confianza, seguridad…en contraste con la imagen de los muelles o las calles próximas al puerto que, especialmente para los marinos extranjeros, representan muchas veces incertidumbre, soledad, desconfianza, riesgo.