El primer tramo del templo a partir de los pies es una edificación gótica de principios del siglo XVI; y el segundo, hasta la cabecera, es la anterior iglesia mudéjar, que no llegó a ser sustituida durante ese proceso de modernización. Aquí, la presencia del arte árabe, así como del románico y del gótico (los componentes clásicos del mudájar), son bien visibles.
Ambas edificaciones tienen tres naves alineadas y yuxtapuestas, ensambladas en la cubierta. Intervienen en su construcción Agustín de Argüello, como Maestro Mayor, y Antonio Padilla y Bernardo de Torres como aparejadores. Otros artistas relacionados con esta iglesia son: Francisco de Villegas, escultor y Juan Rodríguez como ensamblador (siglo XVII).