La Hermandad y Cofradía de Nuestro Padre Jesús Nazareno, María Santísima de la Amargura y San Juan Evangelista se funda en 1504 en la antigua Parroquia de San Sebastián, como Cofradía del Niño Dios. Poco después, la Hermandad adquiere la imagen de un Nazareno, que pasa a ocupar la titularidad de la Hermandad.
Con los desastres de 1936, la Hermandad debe abandonar su sede fundacional y trasladarse a la Parroquia de Santa María de la Asunción. En dichos desastres también desaparece la imagen del Nazareno.
En 1939, el imaginero José Fernández Andes talla la actual imagen del Nazareno.
En 1943, se adquiere la imagen de la dolorosa bajo la advocación de María Santísima de la Amargura, obra del imaginero Antonio Illanes Rodríguez.
En 1954, una hermana regala a la Hermandad la imagen de San Juan Evangelista, de Castillo Lastrucci, que desde entonces acompaña a María Santísima de la Amargura en su paso.
La Hermandad realiza su Estación de Penitencia a las 5 de la madrugada del Viernes Santo.