Después de que en 1489 las tropas de los Reyes Católicos recuperaran Almería, en los años siguientes se levantó una primitiva catedral que quedó prácticamente destruida tras un terremoto en el año 1522.
Sobre este emplazamiento, el obispo Fray Diego de Villalán dio un impulso a la construcción de una nueva catedral, con carácter de fortaleza. El diseño fue llevado a cabo por Juan de Orea con un notable aspecto exterior de fortaleza para la defensa de los
ataques berberiscos.
La Santa Apostólica Iglesia Catedral de la Encarnación, de estilo renacentista quedó finalizada en 1564, aunque en el transcurso de los siglos se fueron añadiendo diversos elementos, ya de estilo neoclásico.