Valdenuño Fernández perteneció desde la Edad Media, en calidad de aldea, a la Tierra y Común de Uceda, siendo al igual que ella señorío de los arzobispos de Toledo. El Rey Felipe II la concedió en 1577 el título de Villa independiente, eximiéndola de la jurisdicción de Uceda y del señorío de los eclesiásticos.