Durante más de 450 años,el Ayuntamiento se ubicaba en el edificio del actual Museo Municipal de Baza, construido para albergarlo entre 1530 y 1539, si bien no fue terminado definitivamente hasta 1590, durante el reinado de Felipe II, tal y como reza en una lápida conmemorativa de su fachada principal.
El edificio, restaurado en 1987, dejó de cumplir sus funciones como Ayuntamiento, trasladándose éste al edificio que ocupa actualmente en la misma Plaza Mayor, enfrente de donde estuvo casi cinco siglos. De cualquier modo, existen oficinas municipales en otros edificios de la ciudad, y en la actualidad se están pensando algunos cambios de ubicación de determinadas áreas.